No Peru, a Constituição, no seu artigo 2º, apoia e sanciona a liberdade religiosa e proíbe toda e qualquer discriminação que tenha por base a religião. Além disso, o artigo 50º da Constituição estabelece que: "Dentro do âmbito de um regime independente e autónomo, o Estado reconhece a Igreja Católica como um elemento importante na formação histórica, cultural e moral do Peru, e oferece à Igreja a sua colaboração. O Estado respeita as outras confissões religiosas e poderá estabelecer formas de colaboração com as mesmas".

O Governo mantém boas relações com os Católicos, e um acordo assinado com o Vaticano em 1980 garante à Igreja Católica um estatuto especial, ao abrigo do qual desfruta de tratamento preferencial no sector da educação, de deduções tributárias e de facilidades para o pessoal religioso imigrante.
Em 2004, o Ministério da Justiça promulgou uma série de medidas para regulamentar as relações com comunidades não-católicas, de modo a que estas pudessem desfrutar de benefícios semelhantes aos concedidos à Igreja Católica.

Existem de facto muitos grupos protestantes presentes no país: os Baptistas, os Anglicanos, as Assembleias de Deus e outros, constituindo assim uma "segunda área" de referência religiosa, logo após o Catolicismo.

Os Católicos e os Evangélicos colaboram de perto, e com frequência, no campo dos direitos humanos, especialmente nas zonas rurais.

No dia 16 de Março de 2007, ao aceitar as credenciais do novo embaixador do Peru junto da Santa Sé, Alfonso Rivero Monsalve, o Papa Bento XVI, fez um discurso (L’Osservatore Romano, 17 de Março), salientando, entre outras coisas, "o papel central desempenhado pela religião católica na identidade peruana" e reconhecendo a sua Constituição como tendo sido desenvolvida "no seio de uma autêntica liberdade de culto".

Em Maio de 2007, foram encontrados, na base militar de Manta, os restos mortais do Pastor Jorge Parraga Castillo; após a identificação, os mesmos foram enterrados em Huancayo. No dia 24 de Outubro de 1989, como testemunhado por um relatório da Comissão Interamericana de Direitos Humanos, homens de uniforme chegaram à localidade de Atcas, na província de Yuyos, e “passaram a pente fino a área”, cometendo actos de violência e prendendo várias pessoas, entre elas o Pastor Castillo, da Igreja Evangélica local. Nunca mais se soube do sacerdote até o seu corpo ter sido descoberto.