A Constituição de 2005 confirma o direito à liberdade religiosa, como já estava estabelecido na anterior Constituição. Os grupos religiosos têm de se registar junto do Ministério do Interior e possuírem uma sede neste país. Os grupos que não se registarem vêm os seus escritórios e locais de culto ser encerrados e todas as suas actividades proibidas. Se violarem estas provisões, aqueles que são legalmente responsáveis podem ser condenados a uma pena que vai de seis meses a cinco anos de prisão. A nova Constituição reconheceu pela primeira vez enquanto feriados nacionais, não só várias festividades cristãs, como também islâmicas, por exemplo o Eid al-Fitr (celebração do fim do Ramadão) e o Eid al-Adha (o final da Haji).
As esperanças de paz não foram completamente satisfeitas quando a Constituição atribuiu os lugares disponíveis no Parlamento com base em critérios étnicos, satisfazendo os pedidos dos Tutsis de obtenção de um papel público mais preponderante (os Tutsis, que representam 14% da população, têm 40% dos lugares, enquanto os Hutus, com 85% da população, têm direito a cerca de 60%) e quando, em Setembro de 2006, o último grupo rebelde, as Forças de Libertação Nacionais (FNL), assinaram um acordo de paz provisório com o Governo. Mas as hostilidades recomeçaram em Julho de 2007 e as FNL continuaram a matar pessoas e a pilhar aldeias e vilas, como ocorreu na província de Burbanza, no Nordeste do país, obrigando milhares de pessoas a abandonar as suas casas para escapar às incursões constantes. O país está com dificuldade para ultrapassar a guerra civil que começou em 1993 entre os dois grupos étnicos principais, os Hutus e os Tutsis, e que resultou em mais de 300 mil mortos. Foram realizadas eleições democráticas, mas os abusos perpetrados pelo exército e pela polícia continuam, com tortura e execuções extrajudiciais aparentes, assim como incidentes de corrupção e a prisão de opositores políticos.
Católicos
Na noite de 4 de Fevereiro de 2006, o Padre jesuíta Elie Koma, de 59 anos, foi morto na cidade capital de Bujumbura. Ele estava dentro de um carro que ia a passar por um bar na rua principal, onde um grupo de homens armados disparou contra um oficial das Forças de Defesa Nacional do Burundi, o Major Ruguraguza, e a sua esposa. Pensa-se que o Padre Koma tenha sido morto de modo a eliminar uma potencial testemunha deste crime. De facto, os assassinos pararam inicialmente o seu carro disparando contra os pneus, e depois mataram-no com cinco tiros nas costas (Fides). O padre era responsável pela nova igreja construída em Kamenge, um dos bairros mais pobres da capital, e era muito respeitado pelo seu apostolado enquanto director dos retiros espirituais.
As circunstâncias relativas ao assassinato, no dia 29 de Dezembro de 2003, do Núncio Apostólico, o Arcebispo irlandês Michael Aidan Courtney, ainda não foram clarificadas. Foi morto numa emboscada em Minago. Este sacerdote foi um grande promotor da paz durante a guerra civil que devastou este país e considera-se que o actual acordo de paz é em grande parte resultado dos seus esforços.
Na noite de 31 de Dezembro de 2007, foi morta uma trabalhadora de uma organização humanitária francesa, de 31 anos de idade, Agnes Dury. Tratava-se de uma psicóloga que trabalhava para a Action Contre la Faim (Acção Contra a Fome). Na região de Ruyigi, um homem disparou uma metralhadora contra o carro no qual a jovem viajava juntamente com um colega (que ficou gravemente ferido) e dois assistentes locais. Em resultado desta ocorrência, a Action Contre la Faim decidiu suspender as suas operações no Burundi.
