A Constituição garante a liberdade religiosa e o Governo geralmente respeita este direito, protegendo-o de todas as formas de abuso, tanto público como privado.

Em 2007, uma decisão do Supremo Tribunal confirmou que a liberdade religiosa é um direito que não pode ser limitado ou restringido. Durante 2006 e 2007, não surgiram relatos de discriminação religiosa. No entanto, ocorreram momentos de tensão entre os cristãos e os muçulmanos. Oitenta por cento da população é cristã e a Igreja Católica Romana é a que possui mais crentes, seguida pelos Presbiterianos (Igreja Presbiteriana da África Central, CCAP). Existem também pequenos grupos minoritários de Anglicanos, Baptistas, Evangélicos e Adventistas do Sétimo Dia. Cerca de 13% da população é muçulmana. Não existem quaisquer exigências particulares para que uma religião seja oficialmente reconhecida. No entanto, os grupos religiosos têm de se registar junto do Governo, apresentando documentação detalhada sobre a estrutura e a missão da organização, a fim de que tal possa ser examinada pelo Ministério da Justiça.
Durante o período abrangido por este relatório, não houve nenhuma indicação em como o Governo se tenha recusado a registar qualquer grupo religioso em particular. O Governo normalmente respeita os dias santos, tanto os cristãos, como os muçulmanos.

O presidente do país, Bingu wa Mutharika, é católico, enquanto que o vice-presidente professa a fé islâmica. Muitos membros do Governo são muçulmanos.
Sobre este mesmo assunto, muitas escolas públicas oferecem a oportunidade de seguir um curso com bases cristãs sobre "Conhecimento da Bíblia" ou um curso em "Educação Moral e Religiosa", que inclui matérias muçulmanas, hindus, Baha'i e cristãs. Ambos os cursos são opcionais. 

Em 2006, ocorreram conflitos entre o Governo e líderes rastafári, depois de todos os penteados que envolvam cabelo comprido terem sido proibidos nas escolas públicas.

Os rastafári, que consideram os penteados rasta uma expressão fundamental da sua religiosidade, descreveram esta proibição como discriminatória e ameaçaram entrar com uma acção legal. O Governo respondeu declarando que a proibição era relativa a cabelo comprido em geral e não poderia ser considerada como prejudicial para os direitos religiosos. Em 2007, não ocorreu nenhuma repetição deste conflito. 

Nos anos abrangidos por este relatório, não houve nenhuma indicação relativamente a discriminação social baseada em práticas ou em convicções religiosas. Registaram-se tensões ocasionais entre os cristãos e os muçulmanos, tensões essas acentuadas principalmente por motivos políticos, como, por exemplo, uma tentativa por parte do presidente (que é cristão) de demitir de funções o vice-presidente (que é muçulmano).

Um episódio violento ocorreu em Junho de 2006, quando um atacante desconhecido detonou uma bomba numa igreja em Lilongwe, o capital do Malawi, ferindo vinte e quatro pessoas. Ainda não existe nenhuma informação sobre o atacante ou sobre as razões para este ataque.