Políticas governamentais, novas leis
A Constituição da Nigéria reconhece a liberdade religiosa, inclusive o direito de expressar e espalhar o credo religioso de cada indivíduo e o direito à conversão a outra religião. O Capítulo 1, Secção 10, da Constituição declara que o "Governo da Federação ou de um Estado não adoptará nenhuma religião enquanto Religião Estatal". Porém, a Nigéria é membro da Organização da Conferência Islâmica (OCI) e, desde 2000, doze dos seus trinta e seis estados (Bauchi, Borno, Gombe, Jigawa, Kaduna, Kano, Katsina, Kebbi, Níger, Sokoto, Yobe e Zamfara, todos no Norte do país) começaram a impor a Sharia ou Lei Islâmica, não só em assuntos de estatuto pessoal como a lei da família, tal como era praticada até então, mas também em assuntos criminais. O estado de Zamfara criou também um Ministério para os Assuntos Religiosos e um Conselho de Imãs.

Em princípio, a lei da Sharia não se aplica a não muçulmanos em assuntos civis e criminais, nem deve ser aplicada em casos de apostasia. No entanto, as vidas de muitos não muçulmanos na Nigéria têm sido afectadas de várias maneiras nos locais onde a Sharia é imposta. Por exemplo, no estado de Kano não pode ser consumido álcool em público e a distribuição de bebidas alcoólicas é proibida; noutros estados, o álcool só pode ser consumido dentro de edifícios federais como quartéis militares ou esquadras da polícia. No estado de Zamfara, os transportes públicos, as escolas e as instalações de saúde são organizadas com base na segregação sexual.

Os estados que aplicam a Sharia financiam extensivamente a construção de mesquitas e as peregrinações a Meca. O mesmo é feito para as igrejas cristãs e as peregrinações a Jerusalém, mas de uma forma muito menos alargada. Muitas igrejas cristãs no Norte da Nigéria e alguns grupos muçulmanos do Sul queixam-se de que as autoridades locais utilizam os regulamentos de construção para lhes negar a autorização para construir novos locais de culto.
Em alguns estados onde é aplicada a Sharia, aqueles que são acusados de uma ofensa podem escolher entre serem julgados segundo as leis inspiradas na Sharia ou segundo as leis seculares. Porém, esta escolha não é dada em todos os estados. Essa é a razão pela qual, em pelo menos cinco estados, existem recursos que estão pendentes contra sentenças que impõem a amputação de membros ou a morte por apedrejamento.

Situação escolar
A Constituição da Nigéria não declara a educação religiosa como sendo obrigatória nas escolas geridas pelo Estado mas, em muitos estados onde se aplica a Sharia, é exigido aos alunos muçulmanos que assistam a aulas de religião.
Alunos de outras crenças religiosas têm o direito de pedir aulas da sua própria religião. Mas ocorre com frequência que muito poucos, nos estados do Norte do país, possuem a capacidade de ensinar "Conhecimento Religioso Cristão". De modo semelhante, poucos educadores conseguem ensinar "Conhecimento Religioso Islâmico" no Sul.
O Padre Albert Ebosele, da diocese de Sokoto, afirmou que os alunos cristãos nas escolas secundárias no estado de Sokoto são obrigados a vestir-se na escola segundo o código de vestuário islâmico (hijab).

Diálogo inter-religioso
O diálogo inter-religioso mantém-se activo graças a iniciativas por parte de organizações não-governamentais como o Fórum Inter-Étnico de Kano e o Centro de Mediação Inter-Religioso de Kaduna e o Fórum de Diálogo entre Muçulmanos e Cristãos.
Tanto em Kano como em Kaduna, a violência sectária tem sido elevada. Em 2004, morreram cerca de 700 pessoas e foram destruídas muitas igrejas em confrontos entre muçulmanos indígenas e imigrantes cristãos.

Em Junho de 2007, o novo presidente Umaru Yar'Adua afirmou que iria constituir um Conselho Consultivo Inter-Religioso, incluindo cristãos e muçulmanos, para prevenir a violência inter-comunitária.
Em Abril, a Associação Cristã da Nigéria (CAN), uma organização que representa todas as Igrejas cristãs, e o Conselho Nacional Supremo para os Assuntos Islâmicos (NSCIA) tinham publicado uma declaração conjunta pedindo às respectivas comunidades para praticarem a tolerância mútua na campanha eleitoral que se aproximava.

Em Junho de 2007, o presidente recentemente eleito criou uma Comissão Nacional para a Hajj (a Hajj é a peregrinação islâmica a Meca). Declarou também que iria criar uma comissão semelhante para as peregrinações cristãs. O vice-presidente do Comité Presidencial para a Peregrinação Cristã confirmou este ponto no dia 1 de Outubro de 2007.

Intolerância e discriminação
Os actos mais generalizados de intolerância religiosa e de discriminação ocorreram contra as comunidades cristãs nos estados mais islamizados no Norte da Nigéria (coincidindo quase invariavelmente com os doze estados da Sharia). Entre estes contam-se falsas acusações de blasfémia feitas contra alunos e professores cristãos, forçando-os por isso a retirarem-se das escolas onde estudam ou ensinam; a retenção das licenças para os cristãos construírem igrejas e cemitérios; a demolição de locais de culto cristãos, alegadamente por se encontrarem em situação ilegal; o rapto e a conversão forçada de adolescentes, especialmente raparigas, que são depois dadas em casamento a homens muçulmanos; discriminação contra cristãos no sector público e na provisão de serviços estatais; intimidação e ameaças de morte contra muçulmanos que se converteram ao Cristianismo; o julgamento de cristãos em tribunais da Sharia, embora tenham o direito de não serem julgados por esses tribunais; a imposição a alunas cristãs do código de vestuário islâmico nas escolas estatais; a manipulação dos critérios de admissão às escolas e universidades estatais, para assim favorecer somente os muçulmanos.

O Padre Albert Ebosele, das dioceses de Sokoto, que incluem os estados de Sokoto, Katsina, Kebbi e Zamfara, declarou que os cristãos indígenas nestes estados são marginalizados nas nomeações para cargos políticos. Ocorre frequentemente que os cristãos não são promovidos nos seus locais de trabalho e os seus subalternos passam a ser os seus chefes.

Convertidos sob ameaça
O Reverendo Nuhu Mamman, pastor da Igreja Evangélica da África Ocidental (ECWA) no estado de Kebbi, relatou que, como resultado de ameaças contra convertidos na parte Norte do estado, a sua comunidade teve de transferir muitos deles para outras partes da Nigéria. Tanto o Reverendo Mamman como Adamu Sunday Peni, vice-secretário da filial da CAN em Kebbi, denunciaram a conversão forçada de cristãos ao islamismo em vários lugares em Kebbi.
No estado de Borno, os convertidos ao Cristianismo oriundos dos grupos étnicos, sobretudo islâmicos, Kanuri e Shuwa, foram perseguidos e as suas vidas ameaçadas.

O Padre Timothy Barga, da diocese de Maiduguri, declarou que não é permitido aos cristãos fazer reuniões públicas ou encontros de oração, como também não podem adquirir livremente terrenos para edificar igrejas. O Padre T. Barga acrescentou que é quase impossível encontrar um único cristão Kanuri indígena porque ele (ou ela) será morto por ser cristão.

Discriminação no local de trabalho e na escola
O Padre David Helon informou que os cristãos indígenas do estado de Bauchi são altamente marginalizados em termos de emprego, admissão nas escolas e nomeações políticas, e as aldeias dominadas pelos cristãos são frequentemente negligenciadas na provisão das necessidades básicas como água canalizada, electricidade, estradas e clínicas.

O Padre Moses Maaji, da Diocese de Maiduguri, declarou que qualquer indivíduo que tenha um nome cristão não terá emprego no Governo do estado de Yobe. Como tal, os cristãos que são originários do estado de Yobe ou mudam de nome ou usam a sua versão na língua Hausa, para assim poderem ter emprego. Deste modo eles usam Musa em vez de Moisés, Ishaku em vez de Isaac, Mariyamu em vez de Maria ou Mary. Isto tudo para esconder a sua identidade cristã de modo a poderem arranjar emprego. Mesmo assim, continuarão a esconder a sua identidade de modo a não serem despedidos do emprego.
O Padre Habila Musa, da Diocese de Kano, relatou que, no estado de Kano, os indígenas que são cristãos têm de mudar os seus nomes cristãos ingleses para equivalentes em Hausa de forma a serem reconhecidos como naturais do estado. Ele disse que, no estado de Kano, a noção comum é que nenhum natural de Kano pode ser cristão. Se se é cristão, perdem-se automaticamente os direitos e privilégios de um natural do estado.

James Kagbu, um professor na Universidade Ahmadu Bello, em Zaria (estado de Kaduna), e secretário do Conselho Conjunto das Capelas da universidade, condenou as políticas universitárias que favorecem os estudantes muçulmanos e excluem os candidatos cristãos. Em apenas alguns anos, tais políticas alteraram uma instituição onde os cristãos eram três vezes o número de muçulmanos para um local dominado por muçulmanos onde os cristãos representam apenas sete mil estudantes de um total de vinte e cinco mil.
O Reverendo Ali Buba Lamido, Bispo anglicano de Wusasa, no estado de Kaduna, queixou-se que as áreas residenciais predominantemente cristãs foram negligenciadas pelas autoridades governamentais locais, que não têm construído estradas, clínicas ou redes de distribuição de água.
O Reverendo Adamu Sunday Peni, vice-secretário da CAN no estado de Kebbi, condenou a exclusão dos cristãos das nomeações governamentais do Estado. Em todo o serviço público estatal existe apenas um único funcionário de topo não muçulmano. O Pastor Sati Riba do Ministério da Redenção pelo Poder queixou-se também de que apenas um dos doze secretários permanentes do Estado é cristão.

O Padre Moses Maaji, padre da diocese de Maiduguri que trabalha em Potiskum, estado de Yobe (o estado de Yobe faz parte da diocese de Maiduguri), afirmou, em 2006, que o Comissário para a Educação lhe disse numa reunião com proprietários de escolas, que qualquer escola que pertença a uma Igreja não será aprovada pelo governo do estado de Yobe. O Padre Maaji afirmou que tudo o que se encontra relacionado com o Cristianismo é fortemente odiado pelos muçulmanos e pelas autoridades do estado de Yobe.

A Sharia aplicada a cristãos
No estado de Kano, o Reverendo Murtala Marti Dangora, secretário do Conselho Distrital da Igreja para a Igreja Evangélica da África Ocidental, queixou-se de que a polícia de Hisbah forçou as mulheres cristãs a submeterem-se ao código de indumentária islâmica e impediu-as de viajar em táxis mota.
Suleiman Wurno, advogado na cidade de Bauchi, relatou que muitos cristãos naquela cidade foram julgados pelos tribunais estatais islâmicos, uma alegação feita também pelo Reverendo Joseph Hayap, secretário da CAN em Kaduna, e por Elder Saidu Dogo, o secretário-geral da filial da CAN no Norte da Nigéria.
No dia 4 de Agosto de 2006, o Tribunal Superior da Sharia de Borno retirou a custódia de três meninas ao seu pai divorciado, porque este se tinha convertido ao Cristianismo, e concedeu-a aos familiares da mãe das meninas, a qual as tinham raptado em Novembro de 2004.

Raptos com a finalidade de conversão
Em 2006 e 2007, foram relatadas dezenas de casos de raptos de crianças e de adolescentes cristãos nos estados de Bauchi e Sokoto, tendo por objectivos a conversão e o casamento forçado. No estado de Sokoto, um menino conseguiu fugir e voltar para sua casa depois de seis meses de cativeiro.

Igrejas demolidas e licenças de construção negadas pelas autoridades
Em Janeiro de 2006, foram entregues ordens de demolição aos líderes de catorze igrejas na cidade de Gusau, estado de Zamfara, assinadas pelo governador estatal Alhaji Ahmed Sani. "Nós não conseguimos arranjar terrenos, porque há uma política deliberada do Governo para negar aos cristãos os terrenos para construir igrejas", disse o Reverendo John Garba Danbinta, o Bispo anglicano de Gusau. Também à ECWA foi negado o direito de construir as suas próprias igrejas em cinco cidades no estado, mas o "governador Sani, nos seis anos desde a introdução da Sharia no estado, usou fundos públicos para construir setenta mesquitas, mas nem uma única igreja foi construída por este Governo", afirmou o Reverendo Barnabas Sabo, da ECWA.

O Padre Albert Ebosele, da Diocese de Sokoto, afirmou que os cristãos não podem comprar terrenos para construir igrejas em Sokoto. Por vezes, os certificados de habitabilidade das igrejas cristãs são revogados e os terrenos são confiscados pelo Governo, como no caso da igreja católica em Kankia.

O Reverendo Canon Bala Williams, padre anglicano, falando no dia depois da eleição de Umaru Yar'Adua como presidente da Nigéria, indicou que quando fora governador no estado de Katsina, o novo presidente tinha introduzido a lei da Sharia e tinha "reprimido a liberdade cristã". Na realidade, “não nos permitem venerar livremente, pois foram negados os locais para o culto às Igrejas ", disse Williams. E acrescentou que na "GRA (Área de Reserva do Governo), por exemplo, não é possível obter terrenos para locais de culto para cristãos". Em Charanchi e Bakori, foi negado aos anglicanos o direito de utilizar duas igrejas construídas três anos antes.

A ECWA também viu uma das suas igrejas ser demolida em Dutsima e o Governo do estado ameaçou mudar de local, para os seus arredores, todas as igrejas na cidade de Katsina. Em termos mais gerais, os cristãos no estado de Katsina reclamam que os convertidos de etnia Hausa sofrem de perseguição, que os cristãos sofrem de discriminação no emprego do sector público e que as estudantes cristãs são forçados a aderir ao código de vestuário islâmico.
No estado de Sokoto, as Igrejas cristãs reclamaram que não lhes é permitido comprar terrenos para construir os seus locais de culto e que lhes negam as licenças de construção quando ainda assim conseguiram comprar os terrenos. A Igreja (Pentecostal) Cristã Redimida de Deus (RCCG), a Igreja Evangélica da África Ocidental (ECWA), a Irmandade Pentecostal da Nigéria (PFN) e a Igreja Católica queixaram-se de terem visto igrejas e santuários seus serem demolidos.
Em Novembro de 2007, o Governo do estado de Kano ordenou a demolição de quatro igrejas na cidade de Kano, duas pertencentes à Igreja Pentecostal e duas à ECWA, para construir uma auto-estrada e um hospital.

Actos de violência
Entre 18 e 24 de Fevereiro de 2006, a Nigéria foi abalada por violência inter-religiosa que fez, pelo menos, 157 mortos. A causa inicial foi o protesto muçulmano contra as caricaturas satirizando Maomé publicadas num jornal dinamarquês. No dia 18 de Fevereiro, uma multidão de extremistas muçulmanos juntou-se em frente ao palácio do Xeique de Borno, em Maiduguri, para protestar contra as caricaturas de Maomé antes de iniciarem uma investida contra cristãos através da cidade, assassinando cinquenta e sete e destruindo cinquenta e cinco igrejas. Nos dias 20 e 21 de Fevereiro, vinte e oito pessoas, incluindo vinte e cinco cristãos, foram mortas em Bauchi; duas igrejas locais foram também incendiadas. Em Katsina, a residência do bispo católico local foi destruída pelo fogo. No dia 23 de Fevereiro, em Kontagorta (estado de Níger), foram assassinados dez cristãos e nove igrejas foram incendiadas. Em 24 de Fevereiro, jovens cristãos em Enugu, e principalmente em Onitsha, retaliaram matando oitenta muçulmanos.

A 15 de Março, os bispos católicos emitiram uma carta pastoral sobre os eventos, na qual criticaram o Governo federal. "A destruição de vida e de propriedade em nome da religião, desonra a Nigéria", escreveram eles. "Em alguns casos, nos quais igrejas, mesquitas, lojas e casas foram incendiadas e pessoas inocentes foram atacadas e brutalmente mortas por assassinos dementes, os polícias que supostamente deviam impor a lei não foram em seu socorro". Ninguém na Nigéria “se deveria sentir em risco por causa da religião, do idioma ou da tribo. Nós declaramos que o fracasso das agências de segurança em assegurar a vida e a propriedade é um fracasso do Governo. Quando o Governo não cumpre as suas responsabilidades em tais situações, as pessoas são estimuladas a fazer justiça pelas próprias mãos".

O Padre Timothy Barga afirmou que o Padre Michael Gajere, padre católico da Diocese de Maiduguri, foi morto e queimado nos terrenos da sua igreja em Maiduguri após uma crise que resultou dos protestos dos muçulmanos contra as caricaturas dinamarquesas de Maomé em Fevereiro de 2006. A sua casa e a sua igreja foram completamente arrasadas. A casa do bispo católico, localizada na rua dos Caminhos de Ferro, foi também incendiada incluindo todos os seus pertences.

Em 20 de Fevereiro de 2006, Florence Chukwu, professora da escola secundária em Bauchi (estado de Bauchi), foi ferida e quase linchada por estudantes muçulmanos que a acusaram de profanar uma cópia do Alcorão, porque ela tinha tirado o livro a uma estudante que o estava a ler durante a aula de inglês. As acusações conduziram a uma revolta na cidade e terminaram com a morte de vinte cristãos e a destruição, pelo fogo, de duas igrejas.

No dia 12 de Junho de 2006, as casas de quatro professores cristãos no campus da Faculdade do Governo em Keffi (estado de Nasarawa), foram incendiadas depois de um professor de história e de inglês ter sido acusado de insultar o profeta Maomé quando castigou um estudante muçulmano. O professor, que fugiu para Abuja, acabaria por ser detido e mais tarde acusado, já depois de ter sido libertado.
No dia 19 e 20 de Setembro de 2006, um grupo de extremistas muçulmanos feriu seis cristãos, destruiu dez igrejas assim como a residência do bispo anglicano, e dez casas e quarenta lojas propriedade de cristãos na cidade de Dutse (estado de Jigawa) no seguimento de tumultos despoletados por alegações de que uma costureira cristã tinha blasfemado contra Maomé durante uma discussão com clientes. Aproximadamente 1.000 cristãos buscaram refúgio em quartéis militares e esquadras de polícia. A mulher foi presa.

No dia 21 de Março de 2007, uma professora Evangélica, Christianah Oluwatoyin Oluwasesin, foi assassinada por um grupo de estudantes muçulmanos numa escola secundária em Gandu (estado de Gombe), depois de ter sido falsamente acusada de profanar uma cópia do Alcorão. Dois dias depois, uma igreja da ECWA foi incendiada na mesma cidade. Dezasseis pessoas foram presas pelo assassinato de Christianah Oluwasesin mas foram mais tarde libertadas.
No dia 28 de Setembro de 2007, uma agressão organizada por extremistas e estudantes muçulmanos causou a morte a dezanove cristãos (incluindo três católicos) e feriu outros sessenta e um. Na sua investida, destruíram também dez igrejas (uma católica), trinta e seis habitações e 147 lojas de cristãos na cidade de Tudun Wada, estado de Kano. A violência começou numa escola secundária pública, na qual um punhado de estudantes cristãos (catorze de entre um corpo de estudantes de 1.500) foi acusado de desenhar uma imagem de Maomé na parede de uma mesquita. O pároco de St. Mary, a paróquia católica que foi destruída na revolta, encontrava-se entre os feridos.

Nos dias 11 e 12 de Dezembro de 2007, extremistas muçulmanos queimaram três igrejas pentecostais e dez casas cristãs em Bauchi (estado de Bauchi). Duas mesquitas foram incendiadas em retaliação. Os confrontos, nos quais foram mortas (a contabilidade varia) seis ou dez pessoas, tinham começado quando dois blocos das fundações de uma mesquita em construção numa escola secundária foram arrancados.

O Padre David Helon, coordenador do diálogo inter-religioso na Diocese de Bauchi, afirmou que, no dia 2 de Fevereiro de 2008, quatro igrejas protestantes foram incendiadas e todo o revestimento interior (panos do altar, bancos da igreja e imagens sagradas) de uma igreja católica foi retirado e queimado. Isto aconteceu na cidade de Yala, no estado de Bauchi. Ele afirmou também que, no estado de Bauchi, acontece frequentemente os cristãos não receberem qualquer indemnização pelo facto de as suas igrejas serem incendiadas durante revoltas religiosas.