Embora a Constituição de 1991, emendada com protocolos adicionais em 1992, 1993 e 1995, garanta a liberdade religiosa no seu Artigo 18º, as autoridades locais restringem frequentemente este direito, intervindo contra pessoas como as Testemunhas de Jeová e os Pentecostais que se recusam a executar certas actividades consideradas patrióticas ou como símbolos da unidade nacional.
Os partidos políticos são proibidos de fazer qualquer tipo de distinção de acordo com a raça, a origem étnica, a tribo, o clã, a origem geográfica, o sexo, a religião ou qualquer outro critério discriminatório.
Os missionários estrangeiros e as instituições afiliadas a grupos religiosos podem operar sem autorização, mas têm de declarar os seus objectivos e actividades às autoridades locais para obter uma "licença provisória". Muitos grupos queixam-se, porém, de que é difícil obter esta licença e assim funcionam sem autorização, o que pode resultar em reprimendas ou mesmo sentenças de prisão.
O Estado quer que as reuniões religiosas sejam feitas em locais de culto e proíbe as que tenham lugar em habitações privadas. É necessária uma licença para celebrar reuniões religiosas à noite, isto porque, no passado, os grupos rebeldes costumavam chamar às suas reuniões nocturnas, nas quais eles planeavam ataques violentos, "reuniões religiosas", mas também para evitar o barulho e o incómodo.
Porém, a situação geral em relação à religião é totalmente calma, embora a polícia intervenha agora com determinação contra todas as actividades que possam perturbar a ordem pública, mesmo marginalmente. Consequentemente, depois de Fevereiro de 2007, a polícia em três distritos (Kigali, Nyarugenge e Gasabo) prendeu e deteve os denominados “pastores de rua”, cristãos que estavam a pregar e a proclamar o Evangelho e a sua fé nas ruas aos transeuntes, porque esta situação foi considerada uma fonte de "desordem". Em Fevereiro de 2006, a polícia investiu contra igrejas e templos que causavam elevados níveis de ruído, confiscando instrumentos musicais excessivamente ruidosos e ordenando às mesquitas para baixar o volume dos altifalantes que chamam os crentes para as orações (fonte: BBC).
A instrução religiosa é permitida nas escolas estatais, frequentemente como uma alternativa para cursos de moral. Existem escolas cristãs e escolas muçulmanas. A Igreja Católica gere 137 jardins-de-infância com 38.648 crianças; 1.232 escolas primárias com 892.434 alunos; 131 escolas secundárias com 61.351 alunos, dezasseis hospitais e oitenta e sete dispensários (dados providenciados pela Fides, Dezembro de 2007).
O difícil legado do genocídio de 1994
No espaço de cem dias, entre Abril e Julho de 1994, os extremistas Hutu massacraram entre 500 a 800 mil pessoas, a maioria pertencente ao grupo étnico Tutsi. Outros milhares mais foram mortos mais tarde durante a vingança Tutsi, conduzindo no final, de acordo com o Governo, a aproximadamente 937 mil vítimas (as Nações Unidas falam de “somente” 800 mil pessoas mortas).
Durante anos, dezenas de milhares de pessoas estiveram presas à espera de julgamento, acusadas de terem tomado parte no genocídio, enquanto o Tribunal Penal Internacional para o Ruanda (o TPIR) organizado pela ONU, com sede em Arusha, na Tanzânia, apenas conseguiu ouvir algumas dezenas de casos. A maioria dos julgamentos - de figuras secundárias; pessoas que estavam a agir sob as ordens dos seus superiores, soldados comuns e cidadãos comuns - foram transferidos para centenas de tribunais populares, os denominados "Gacaca" que significa "erva" no idioma local, Kinyarwanda, e que recorda a tradição de um encontro num campo para resolver as controvérsias locais. Confrontado com 818 mil indivíduos acusados de crimes ligados ao genocídio, o Governo reviu os seus procedimentos várias vezes de modo a acelerar as audiências, aumentando sucessivamente os poderes dos Gacacas. Em Maio de 2007, estes receberam o poder de atribuir prisões perpétuas, onde o limite prévio era de trinta anos. Além disso, como uma alternativa para uma sentença de prisão, foi introduzida a opção de sentenciar os considerados culpados a várias formas de serviço comunitário. Entre Maio e Outubro de 2007, cerca de quarenta e sete mil pessoas foram condenadas a estes tipos de serviço comunitário. As decisões são tomadas por um júri de nove cidadãos comuns e não há nem promotores públicos nem advogados de defesa, sendo estas funções levadas a cabo pelas partes envolvidas. A Amnistia Internacional e outros grupos relataram frequentemente que os Gacacas não respeitam os padrões internacionais mínimos exigidos para um julgamento justo. Muitos juízes foram acusados de usar o seu poder para fins pessoais ou políticos, ou de uma maneira abusiva (Human Rights Watch). Fontes do Governo reconheceram que dezenas de pessoas se suicidaram depois de terem sido condenadas por estes tribunais populares. No final de 2007, ainda havia dezenas de milhares de pessoas à espera de julgamento.
As feridas causadas pelos massacres ainda estão abertas e uma lei de 2003 define como "ilegais" todas as formas de revisionismo ou de negação em relação ao genocídio. Em Maio de 2006, um padre, Jean-Marie Vianney Uwizeyeyezu, foi preso e acusado do crime de ter subestimado a extensão do genocídio. De acordo com um jornal diário pro-governamental, no mês de Abril, ele minimizou os massacres de 1994 numa homilia (fonte: Rádio Vaticano), e alegou-se que tenha dito que era um erro chamar "cães" aos responsáveis pelo genocídio. Em Outubro de 2006, foi condenado a doze anos de prisão.
Católicos
Entre as centenas de milhares de pessoas acusadas de genocídio, ou de outros crimes ligados a esta situação, existem crentes e padres cristãos, e tanto os Gacacas como o TPIR condenaram clérigos, católicos e membros de outras religiões, em alguns casos por crimes graves. Mas as autoridades e os meios de comunicação social estatais, como também a imprensa internacional e a opinião pública, foram incitados por estes episódios a formular uma acusação genérica de cumplicidade no genocídio contra toda a hierarquia eclesiástica.
A Igreja foi acusada, em particular, de procurar proteger os padres envolvidos no genocídio e de não querer reconhecer as suas responsabilidades esquecendo, entre outras coisas, o preço extremamente elevado pago em termos de vidas humanas pela Igreja no Ruanda. Entre as vítimas havia 248 pessoas consagradas, incluindo três bispos, 103 padres, quarenta e sete irmãos religiosos que pertenciam a várias congregações e sessenta e cinco religiosas (fonte: Fides). Observou-se que os meios de comunicação social internacionais muitas vezes informam simplesmente que um "padre" ou "uma religiosa" católicos foram condenados por genocídio, sem dar sequer os seus nomes, como se a sua identidade não fosse considerada importante.
Embora nos anos mais recentes tenha havido sinais de reconciliação entre o Governo e a Igreja Católica, em 2007, na Missa em Comemoração do Genocídio, só o representante luterano foi convidado a dizer uma oração, situação diferente da que acontecera em anos anteriores.
Esta situação de suspeita e de desconsideração face à Igreja parece ser encapsulada pelos eventos relativos ao Padre belga Guy Theunis, SMA, um membro da Sociedade das Missões Africanas. Ele foi preso no dia 6 de Setembro de 2005 no aeroporto de Kigali enquanto esperava por um voo para a Bélgica. Acusações de genocídio foram imediata e amplamente apregoadas pelos meios de comunicação social, mas só oficialmente anunciadas depois de alguns dias. Foi alegado que, com os seus artigos e o seu trabalho como editor da revista local de idioma francês "Dialogue", o Padre Theunis tinha incitado à divisão étnica, ao planeamento do genocídio e a um revisionismo subsequente, em particular por publicar extractos do jornal ruandês extremista "Kangura." Esta foi na realidade uma simples revisão de imprensa na qual foram traduzidos e comentados vários artigos de jornais locais. O Superior da sua ordem, Padre Gérard Chabanon, rejeitou imediatamente as acusações como totalmente infundadas e rejeitou a ideia de que esta revista "que analisa de um ponto de vista cristão os problemas em causa", alguma vez pudesse ter tido tais intenções. As acusações são ainda mais surpreendentes, porém, dado o tipo de pessoa que o Padre Guy é. Ele viveu no Ruanda entre 1970 e 1994 e foi sempre extremamente activo no campo da comunicação. Depois do genocídio, regressou à Bélgica, viveu depois na África do Sul de 1998 a 2003, e em seguida na República Democrática do Congo. Durante os vinte e três anos que esteve no Ruanda, foi membro de várias instituições para a defesa dos direitos humanos e contra a violência. Foi mais tarde também ouvido como testemunha de eventos que envolveram o genocídio por parte de autoridades políticas e judiciais internacionais, tais como o comité de investigação da Assembleia Nacional Francesa e o Senado Belga. Nunca antes disto tinha qualquer actividade "pro-genocídio" sido sequer sugerida, apesar do facto de, desde 1994, ele ter viajado para o Ruanda em numerosas ocasiões. É o primeiro estrangeiro a ter sido acusado nos Gacacas. Outras organizações internacionais, como os "Repórteres Sem Fronteiras", protestaram, lembrando que o "Padre Theunis defendeu sempre os princípios da tolerância e respeito para com os outros. Passou a sua vida a lutar contra o racismo e o ódio étnico". Eles descreveram as acusações como "ultrajantes" e "absurdas", mostrando que as citações retiradas do jornal extremista "Kangura" foram publicadas para alertar os seus leitores sobre este extremismo e "com a intenção de condenar o ódio e a intolerância".
Os eventos que se seguiram são igualmente esclarecedores. No dia 11 de Setembro de 2005, no final de uma audiência presenciada por aproximadamente 1000 pessoas, os juízes do Gacaca em Ubumwe decidiram que o Padre Theunis iria ser julgado por um tribunal ordinário, considerando os seus crimes (“ter incitado os ruandeses ao massacre com os seus artigos e as suas palavras”) como pertencendo à "Categoria nº 1", a mais grave, a dos "planeadores" do genocídio de 1994 e punível até mesmo com a pena de morte. Passadas várias semanas, o Supremo Tribunal de Justiça em Kigali aprovou o pedido de extradição recebido do Governo belga. O padre será julgado no seu país de origem para onde regressou livre e sem escolta policial em Novembro de 2005. A Human Rights Watch comentou que as autoridades ruandesas não possuem nenhuma prova que justifique a prisão do padre ou o seu julgamento. O julgamento ainda está a decorrer. Numa entrevista à revista Nigrizia em Fevereiro de 2007, ele descreveu a situação actual como se segue: dezenas de milhares de pessoas foram presas há mais de treze anos e ainda não foram levadas a tribunal. Outras dezenas de milhares foram libertadas, depois de anos na prisão à espera de julgamento, numa atmosfera de vingança nas aldeias que ainda resulta em incidentes violentos dirigidos contra os que são apenas suspeitos de terem estado envolvidos no genocídio.
Outras comunidades cristãs
Desde 2003, os pedidos de registo apresentados por dois grupos metodistas cristãos, a "Igreja Metodista Uniata do Ruanda" e a "Comunidade Metodista Uniata Internacional", ainda estão pendentes. Ambos os grupos reivindicam serem os representantes principais da Igreja Metodista e os representantes legítimos da Igreja Metodista Mundial. O seu caso foi entregue ao Supremo Tribunal.
As Testemunhas de Jeová
A discriminação contra as Testemunhas de Jeová continua a existir devido à sua recusa em aceitar as ideias e símbolos da soberania estatal e da unidade nacional. Por exemplo, o costume (não obrigatório pela lei) de a noiva e o noivo tocarem na bandeira nacional durante a cerimónia de casamento enquanto trocam os seus votos. Este costume é rejeitado pelas Testemunhas de Jeová que têm dificuldade em encontrar um funcionário público preparado para celebrar matrimónios sem incluir este ritual patriótico.
Todos os anos, dezenas de Testemunhas de Jeová são presas porque se recusam a tomar parte em vigílias nocturnas (grupos de cidadãos que patrulham as ruas para garantir a segurança pública) e são colocadas na prisão por períodos que vão desde uma noite a um mês. As prisões continuam, apesar de, em 2005, os juízes terem decidido que nenhuma lei obriga os cidadãos a tomar parte nestas actividades. Em muitos distritos, as Testemunhas chegaram a acordo com as autoridades para executarem formas alternativas de serviço comunitário. Porém, em muitas áreas as autoridades continuam a recusar-se a atribuir as licenças para construção de locais de culto. Em Maio de 2006, o presidente da Câmara de Gitarama afirmou que não aprovaria nenhuma licença até que parassem de “incitar os cidadãos a desobedecer às políticas do Governo”.
A discriminação afecta também os estudantes, os quais são por vezes expulsos por se recusarem a participar em cerimónias patrióticas.