A Constituição garante o direito à liberdade religiosa quer no Artigo 13º, que assegura a igualdade de todos os cidadãos perante a Lei, quer no Artigo 41º, que define como “inviolável” a “liberdade de consciência, de religião e de culto”. Em particular, ninguém pode ser “perseguido, privado de direitos”, mas também não pode ser “isento de obrigações ou deveres cívicos por causa das suas convicções ou prática religiosa”, embora a objecção de consciência seja garantida, de acordo com a Lei. Além disso, ninguém pode ser “perguntado por qualquer autoridade acerca das suas convicções ou prática religiosa, salvo para recolha de dados estatísticos” que não pode, contudo, permitir a identificação do indivíduo; nem ninguém pode ser prejudicado por se “recusar a responder”.

Relativamente às relações entre instituições civis e eclesiásticas, “as grejas e outras comunidades religiosas estão separadas do Estado e são livres na sua organização e no exercício das suas funções e do culto”. É garantida “a liberdade de ensino de qualquer religião praticado no âmbito da respectiva confissão”, “bem como a utilização de meios de comunicação social próprios para o prosseguimento das suas actividades”.

As relações com a Igreja Católica são reguladas pela Concordata de 2004. Nenhuma Igreja ou religião é financiada pelo Estado, embora este apoie a construção de igrejas (e, em casos esporádicos, de templos não-católicos).

A Lei 16/2001, sobre a liberdade religiosa, criou uma Comissão de Liberdade Religiosa, com a missão de dar pareceres e aconselhar o Governo nesta matéria. A Comissão promoveu a realização de colóquios temáticos em 2006 e 2007. A mesma Lei também regula o reconhecimento de denominações minoritárias e admite a possibilidade de estas celebrarem acordos com o Estado, desde que estejam implantadas no país segundo os critérios estabelecidos na lei e desde que tenham tido uma presença organizada socialmente no país durante mais de trinta anos ou desde que existam no estrangeiro há mais de sessenta anos. A Lei prevê ainda algumas isenções fiscais e a possibilidade de aulas confessionais na escola pública, bem como o acesso a um tempo de emissão religioso na rádio e na televisão públicas. A partir da Lei de 2001, as confissões minoritárias podem, à semelhança da Igreja Católica, celebrar casamentos religiosos com efeitos civis e prestar assistência espiritual nas forças armadas e nas prisões, entre outros actos. Mas as condições concretas do exercício dessa assistência estão ainda por regular, e tem sido um ponto de discussão e de reivindicação das confissões minoritárias no país. Registaram-se já casos de pastores e ministros dessas confissões que, solicitados por doentes, foram a hospitais, mas só conseguiram entrar com o apoio e sob a responsabilidade do capelão católico.

Durante o ano de 2007, o Ministério da Saúde esteve a preparar um projecto de regulamentação, que nos primeiros meses de 2008 ainda não se encontrava concluído. A primeira proposta de documento mereceu vários reparos dos responsáveis católicos, após o que o Governo encetou negociações para aproximar posições. Em Julho de 2007, foi noticiado que o episcopado católico estava descontente com várias áreas de actuação do Governo e com implicações na acção da Igreja Católica: além da assistência religiosa em hospitais e prisões, também o apoio às instituições particulares de solidariedade social e as novas regras para a propriedade de meios de comunicação. O Governo e a Conferência Episcopal encetaram negociações que, nos primeiros meses de 2008, não tinham ainda sido concluídas.