No seu preâmbulo e no Artigo 2º, parágrafo 3, a Constituição de 1995 da Federação da Bósnia e Herzegovina estabelece o direito à liberdade religiosa, o qual é geralmente respeitado. Na prática, porém, e muito frequentemente em zonas com múltiplas etnias, ocorrem graves incidentes de discriminação contra os membros de determinados grupos. Os muçulmanos, os católicos e os ortodoxos sérvios, todos dão conta de muitos casos de agressão e de intolerância religiosa.No contexto dos agrupamentos religiosos tradicionais, o número de crentes praticantes é relativamente baixo, mas existem, no entanto, algumas zonas nas quais a religião é praticada de modo mais intenso, como por exemplo nas comunidades católicas croatas, nos seus enclaves étnicos particulares no seio da Bósnia e Herzegovina. Os católicos na Bósnia são uma minoria; encontram-se na difícil posição de terem de lutar para sobreviver num ambiente que é cada vez mais determinado pelo Islão, ou seja, na Federação Muçulmano-Croata; ou onde não são, de todo, bem-vindos, ou seja, na República Sérvia. Acima de tudo, para muitos muçulmanos na Bósnia, a religião é, em simultâneo, uma marca da sua identidade étnica, mesmo se a sua prática religiosa, na realidade, se limita a uma visita ocasional à mesquita e a umas quantas ocasiões importantes (nascimentos, casamentos e mortes).

Oito Muftis exercem funções neste país, tendo como bases as cidades maiores como Sarajevo, Tuzla, Mostar e Banja Luka.Durante o ano de 2006, o Parlamento não conseguiu chegar a acordo sobre a proposta de lei que estabelece os feriados (tanto os religiosos, como os nacionais). As autoridades locais normalmente reconhecem como feriados os dias considerados como tal pelos membros do grupo religioso mais numeroso que habite na zona.

A lei sobre a liberdade religiosa regulamenta as autorizações concedidas aos grupos religiosos e estabelece o direito à liberdade de religião e de consciência na Bósnia. O Ministério da Justiça criou um registo unificado para todas as religiões, enquanto que o Ministério para os Direitos Humanos e os Refugiados se encontra a trabalhar na documentação de todas as violações da liberdade religiosa. De acordo com a legislação actual, qualquer grupo com um mínimo de 300 membros adultos pode construir uma nova igreja ou organizar uma comunidade religiosa, através da apresentação de um pedido por escrito ao Ministério da Justiça, o qual tem de tomar a decisão no prazo de trinta dias após recepção do pedido. Caso o pedido seja rejeitado, é ainda possível submeter um recurso ao Conselho de Ministros.A pressão separatista é frequentemente apoiada por elementos religiosos; por exemplo, no mês Junho de 2007, o Bispo Ortodoxo Sérvio de Trebinje Grigorije pediu um referendo que visa a independência da Republika Srpska do estado bósnio, uma entidade governada pela Sérvia existente no seio da Bósnia e Herzegovina.Durante o ano de 2006, as autoridades locais deliberaram sobre os vários modos de atribuição e promoção de apoio financeiro às principais comunidades religiosas, as quais normalmente tendem a receber a maior parte do seu financiamento nas zonas nas quais os seus membros são em maior número.

Os pais têm o direito de matricular os seus filhos em escolas particulares por razões religiosas. Muitas cidades e vilas possuem escolas ligadas a determinadas religiões, tanto islâmicas, como católicas e ortodoxas sérvias.Mas as escolas europeias geridas pela Igreja Católica têm como objectivo contribuir para a reconciliação e a tolerância entre os grupos nacionais e as religiões na Bósnia.As quatro maiores comunidades religiosas no país têm vindo, desde há algum tempo, a solicitar a devolução, ou compensação, das propriedades que possuíam e que foram confiscadas ou nacionalizadas pelo regime comunista. A Comissão Estatal para a Devolução encontra-se a trabalhar numa proposta de lei nacional e unitária sobre este assunto. De momento, e na ausência de uma tal legislação, as decisões cabem às várias autoridades locais.No dia 19 de Abril de 2007, depois de seis anos de trabalho, a Santa Sé e o Governo bósnio assinaram uma proposta de Concordata que regulamenta o estatuto legal da Igreja Católica na Bósnia. O tratado foi assinado pelo Arcebispo Alessandro d'Errico, o Núncio Apostólico em Sarajevo, em representação da Santa Sé, e, por parte da Bósnia e Herzegovina, por Ivo Miro Jovíc, o membro croata da presidência colegial do país. Este evento foi reportado pelo Osservatore Romano no dia 28 de Abril. O acordo reconhece a respectiva independência das duas partes, mas também a sua vontade de cooperar. Desta forma, ficou estabelecido o enquadramento legal para as relações entre o Estado e a Santa Sé.

O sistema judicial continua a ser, em grande medida, um obstáculo à defesa da liberdade religiosa para as minorias. Por exemplo, a polícia raramente prende os responsáveis pelos actos de vandalismo contra edifícios religiosos ou pelos ataques aos sacerdotes das várias Igrejas ou comunidades. A um nível local, as autoridades impõem por vezes restrições aos rituais e cerimónias religiosos. Por exemplo, no município de Bratunac, dominado pelos sérvios, a população sérvia recusou-se repetidamente a conceder autorização aos muçulmanos locais para a construção de um cemitério ou de um monumento evocativo nos terrenos em frente e nas cercanias da mesquita da cidade. Bratunac também é tristemente conhecida pelo massacre de 600 pessoas, ocorrido em 1992, a maioria das quais era muçulmana, um número que também incluiu o imã local.

No decurso do ano de 2007, o número de ataques a símbolos ou edifícios religiosos, bem como contra sacerdotes, também aumentou. A Igreja Católica, a Igreja Ortodoxa Sérvia, as comunidades protestante e muçulmana continuam a ser todas de igual modo objecto de agressões e de vandalismo. Os líderes das principais religiões continuam a encontrar-se no âmbito do Conselho Inter-religioso da Bósnia e Herzegovina, no seio do qual trabalham em conjunto para criar as bases para a resolução dos conflitos, tanto os significativos como os ocasionais.As Igrejas Católica e Ortodoxa, em particular, encontram-se regularmente para debater assuntos e ideias em comum, o que se espera venha a conduzir a uma crescente aproximação entre as duas. Durante a semana do diálogo ecuménico, em Abril de 2007, o líder da Igreja Católica na Bósnia e Herzegovina, Cardeal Vinko Puljic, presidiu a um serviço religioso na catedral ortodoxa de Sarajevo, enquanto que o Metropolitano Nikolaj, o líder da Igreja Ortodoxa Sérvia na Bósnia e Herzegovina, presidiu a uma missa na catedral católica desta mesma cidade. Do mesmo modo, o Bispo católico Ratko Peric, de Mostar, encontrou-se com o Mufti de Mostar, Seid Effendi Smajkic.